本发明提供了一种飞轮储能电站管理系统，所述系统包括能量管理系统、电网电压频率支撑控制装置主机、电网电压频率支撑控制装置从机和多个飞轮控制器；其中，所述能量管理系统用于获取调控指令，还用于向电网电压频率支撑控制装置主机发送调控指令；所述电网电压频率支撑控制装置主机用于接收调控指令，并向电网电压频率支撑控制装置从机发送调控指令；所述电网电压频率支撑控制装置从机用于接收调控指令，并根据调控指令包括的每个飞轮控制器对应的子调控指令，对每个飞轮控制器进行相应的控制。在上述系统中，除了实现AGC/AVC的基本功能外，还实现一次调频、动态无功的功能，满足飞轮阵列能量管理系统的多场景应用需求，提升飞轮储能的利用率。