本发明公开了一种高精度的原子钟信号输出与同步模块，其特征在于，包括时钟输入电路对原子钟提供的信号进行电平变换，得到方波信号作为CPLD电路的时钟信号；同步电路对输入的1PPS同步信号进行阻抗匹配后发送到CPLD电路；温补晶振产生一方波信号并将其输入CPLD电路；CPLD电路根据时钟信号生成1PPS生成信号并将其同步到输入的1PPS同步信号上以及发送给1PPS驱动器；根据方波信号生成2.048MHz生成信号并将其发送给2.048MHz驱动器；1PPS驱动器对1PPS生成信号反向驱动，产生高精度1PPS信号；2.048MHz驱动器对2.048MHz生成信号反向驱动，产生高精度2.048MHz信号。