本发明公开了一种引动船舶高盐废水中异养向硫自养反硝化快速转化的方法，包括步骤：S2‑单独进水：向接种了厌氧活性污泥的反应体系中间歇通进向海水中添加S2‑的第一类改造海水，进水同时搅拌；S2‑单独进水设置为五个梯度S2‑浓度，每个梯度分别对应一个反应阶段，当每个阶段出水中的NO3‑、S2‑和总有机碳去除率均达到平稳时，将进水S2‑浓度调整为下一浓度梯度；S2‑单独进水的同时，采用连续进水方式通入向海水中加入NO3‑和有机物的第二类改造海水；处于第二阶段时加入活性炭颗粒；处于第五阶段时且S2‑去除率达到80％以上时，反应停止。本方法通过梯度增加S2‑浓度，逐步驯化自养脱硫反硝化功能菌对S2‑的降解能力以及硫酸盐还原菌对S2‑毒性的抵抗能力，加大对异养反硝化的抑制和消除，高浓度S2‑条件下在30天内即可实现异养向硫自养反硝化的全面快速转化，同时结合搅拌和添加活性炭的方式，使S2‑和NO3‑去除率分别达到84.24％和97.46％高水平，实现多元污染物高效去除。