本发明公开一种水稻类病斑SPL50基因突变体及其应用，所述水稻类病斑突变体为SPL50基因的突变体；所述SPL50基因核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；所述突变体为所述SPL50基因第563位碱基由T突变为A，其核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。在苗期和分蘖初期，spl50突变体叶片中未观察到病斑，分蘖后期开始出现病斑。与野生型WYG相比，spl50突变体展示出对稻瘟病抗性显著增强。通过采用分子标记技术，成功定位并克隆了SPL50基因，且通过对spl50突变体和正常水稻品种WYG的比较，验证了该基因在提高抗病性方面的有效性为水稻的抗病育种提供了新的思路。