本发明涉及一种深部地质封存与地热资源协同利用的钻井系统，包括封存井、观测井和压缩机，封存井和观测井的底部都处于深部地层内，封存井井壁的下部设有若干个注入孔，用于将封存井内的液体注入深部地层；观测井井壁的下部设有若干个通孔，使得深部地层的液体能进入观测井；封存井的上部设有制冷循环单元，制冷循环单元的制冷循环管道的进口和出口都连接压缩机，使得制冷介质沿着制冷循环管道进入封存井内，与进入封存井的待封存液体进行换热，制冷介质冷却后返回压缩机；观测井内设有制热循环单元，制热循环单元的制热循环管道的进口和出口都连接压缩机，使得制热介质沿着制热循环管道进入观测井的底部，吸收地热后返回压缩机。