本发明公开一种电氢综合能源系统运行优化方法、系统及存储介质，涉及电力系统调控领域，方法包括：确定电氢综合能源系统的第一目标函数和第二目标函数；根据电热功率平衡、储氢罐储氢质量、电解槽电解效率以及设备运行功率，确定目标约束条件；基于第一目标函数、第二目标函数和目标约束条件，构建多目标运行优化模型；获取电氢综合能源系统在运行周期内不同时段的目标数据；基于电氢综合能源系统在运行周期内所有时段的目标数据，采用NSGAII优化算法求解多目标运行优化模型，得到决策变量的最优解，并根据功率调度策略对电氢综合能源系统进行调控。本发明实现了对电氢综合能源系统的有效调控。