本发明涉及印刷行业技术领域，尤其是一种数字化三维印刷图形处理方法和系统。该方法和系统包括构建与印刷层对应的三维参照模型；分割所述三维参照模型获取多个截面图形；遍历所述截面图形的边缘像素点；获取所述平面印刷图形中每个印刷像素点的色彩数据和平面坐标；根据所述边缘像素点的三维坐标和印刷像素点的平面坐标，基于所述截面图形生成临时印刷图形；对所述临时印刷图形进行色彩填充，生成待印刷图形；依次叠加打印所述待印刷图形。本发明通过数字化建模并拆解为多层印刷图形，基于多层印刷图形对平面印刷图形上的像素在多层印刷图形上进行重构，无需进行二次的造型加工，对材质的宽容度好，保证了大批量印刷加工的一致性。