本发明公开了一种多工况保护软件灵活配置方法及系统，涉及电力系统继电保护技术领域，包括：配置并存储各种工况所需的保护资源，并解析配置文件，生成内存运行空间及资源索引指针，进行资源配置和解析；根据资源配置和解析结果，通过配置文件中的多工况配置和工况定义，进行初始化操作；通过资源索引指针获取输入，执行实时运算，并根据输出的索引指针刷新输出资源的变量值，更新配置；将更新后的配置保存并通过通信接口发送至PC调试软件和MMI管理板，同时组织资源通信帧。本发明在软硬件配合上提升对保护多工况的支持度，提升了保护软件配置的灵活性，提高了公共保护模块的复用率，提升保护可靠性，减少了同类保护的版本数量。