本发明涉及短路电流优化技术领域，具体公开了一种考虑新能源与常规措施协调的短路电流优化方法及系统，方法包括：将新能源的预测误差不确定性转变为确定的典型场景；将存在三相短路电流超标的典型场景加入短路电流超标运行场景集中；考虑用于抑制短路电流的常规措施和新能源措施，以总控制代价最小为优化目标，构建短路电流综合协调优化模型；基于混合更新策略的粒子群优化算法对短路电流综合协调优化模型进行求解，得到控制代价最小的N个控制措施，通过安全性校验得到最终的短路电流优化控制措施。本发明在新能源措施下调节新能源的无功电流支撑系数和最大无功电流，可以降低常规短路电流控制的代价，降低对电网安全稳定的影响。