本发明涉及一种多端口DC/AC并联系统及其零序环流抑制方法，所述系统包括至少两台共享高低压直流母线的双直流端口不对称三电平并网逆变器，所述方法包括：采样任一逆变器的三相输出电流，得到零序环流，并采样并联系统直流侧的直流电压，形成不对称载波；生成零序电压分量；获得参考正弦调制波，将直流侧功率控制参数乘以零序分量注入到参考正弦波中得到初始调制波；将零序电压分量分别加入到各逆变器的所述初始调制波中，得到改进调制波，结合不对称载波和改进调制波，产生逆变器的驱动信号，实现环流抑制。与现有技术相比，本发明能够有效地减小双直流端口并联逆变器之间的环流，应力均衡，效率提升，并增强了系统的稳定性。