本发明提供了一种防治水稻线虫病的杀线虫剂及其制备方法和应用，属于杀虫剂技术领域，所述制备方法包括以下步骤：（1）通过发酵制备解淀粉芽孢杆菌发酵液、蜡状芽孢杆菌发酵液、东洋芽孢杆菌发酵液、雷氏普罗威登斯菌发酵液；（2）将上述发酵液混合，得到混合菌剂；（3）制备植物提取物；（4）在每升混合菌剂中添加100‑150g植物提取物、50‑80g玉米淀粉、15‑20mL橄榄油、15‑30g蔗糖、20‑50g甘露醇、160‑200g包埋剂，得到包埋混合物；（5）将包埋混合物烘干，磨碎，过筛，得到防治水稻线虫病的杀线虫剂。本发明的所述线虫剂可以同时兼治水稻线虫病和水稻纹枯病。