本发明公开了一种生物基有机硅表面活性剂及其制备方法和应用，该表面活性剂具有以下结构：Si(CH3)3‑O‑[Si(CH3)2‑O]a‑[Si(CH3)R1‑O]b‑[Si(CH3)R2‑O]c‑Si(CH3)3；通过以疏水性的硅氧烷为主链，亲水性的聚醚作为侧链的梳形结构，其侧链的聚醚通过环氧开环反应接枝引入生物基物质，从而一定程度上调节了有机硅表面活性剂亲水亲油性，提高了自身表面活性。引入生物基可以降低聚氨酯泡沫的导热系数，提高聚氨酯泡沫的流动指数，以及提高泡沫的隔热性能与流动性能。此外，其合成为生物基泡沫稳定剂的开发提供了新的合成路线，制备方法简单，易操作，适于工业化生产。