本发明提供一种功能化碳纳米管负载铂钌亚纳米合金材料及其制备方法，属于复合材料制备领域。首先，利用氨基碳纳米管作为导电基底材料，对其进行植酸后修饰；然后分散在Pt4+和Ru3+阳离子混合溶液中，经加热后Pt4+和Ru3+阳离子形成合金亚纳米团簇固定在碳纳米管上。本发明制备的电催化剂具有高分散的铂钌亚纳米合金作为催化活性位点能够减少贵金属用量、节约成本，并且由于合金中不同金属原子之间的相互作用，不仅能够提升催化活性，而且增加了材料的稳定性。