本发明涉及生物磁测量技术领域，且公开了一种树木病虫害磁检测方法和系统，包括如下步骤：建立数学模型；依据磁梯度计设计值，加工磁梯度计并搭建SQUID磁测量系统；测量；SQUID磁测量系统搭建完成后，进行测量试验验证；确保样品清洁且周围没有干扰测量的磁性材料或磁干扰源，将树木病虫害磁检测系统放在被测量样品周围；调整SQUID磁力仪位置在靠近样品的位置；分析数据以确定被测量样品产生的磁场水平，该树木病虫害磁检测方法和系统，可以快速且高效地测量确定样品产生的磁场水平，并与同品种健康树木对比，确定被测树木是否产生明显的磁场异常，再根据异常程度判定被测树木是否感染了虫害，有效的提升树木病虫害检测效率。