本发明公开了一种非健全通信场景配电网故障定位方法及系统包括，对待测配电网进行区域划分，采集划分后的区域中各测量点的信号数据，对采集到的信号数据中故障数据进行筛选，并对筛选后的故障数据进行滑动窗口采样，获取原始故障数据集；对原始故障数据集进行预处理，预处理包括标准化处理、缺失值生成以及异常值检测，缺失值生成通过改进GAN网络进行操作；根据预处理结果，结合Autoformer构建配电网故障定位模型；根据实时故障数据结合配电网故障定位模型，完成非健全通信场景配电网故障定位。本发明为非健全通信场景中的故障定位提供了一种新的解决思路。