本发明涉及区块链账本数据储存技术领域，尤其涉及一种基于智能合约的联盟链瘦身方法及系统，该方法包括：根据预设的数据结构记录联盟链区块账本；采用智能合约技术对用户身份公钥证书信息进行上链处理，得到对应的身份公钥证书唯一索引；通过身份公钥证书唯一索引指代用户身份公钥证书信息进行通信；采用身份公钥证书唯一索引获取对应的用户身份公钥证书信息，通过用户身份公钥证书信息进行验签；采用身份公钥证书唯一索引指代用户身份公钥证书信息，生成瘦身后的联盟链区块账本。本发明采用智能合约技术，利用身份公钥证书唯一索引指代重复冗余的用户身份公钥证书信息，以便降低账本的冗余数据，从而实现区块链账本数据的实时瘦身。