本发明公开了一种多绕组变压器电磁暂态建模方法及系统，涉及电磁暂态建模技术领域，包括对变压器绕组进行几何建模，设置所述变压器绕组的电路联结、激励源和边界条件；对变压器绕组模型开展涡流场计算获得表示各绕组自感和互感的支路电感矩阵；根据所述支路电感矩阵计算支路导纳矩阵，根据所述支路导纳矩阵进行电磁暂态计算，得到变压器的电磁暂态模型。本发明仅需要变压器的设计参数，不需要等待实际变压器生产完成即可开展计算，且可计算不同分接下的零序阻抗，大大提高了效率，降低了设计风险。