本发明公开了一种基于电子密度起伏谱的电离层等离子体泡密度分布生成方法，包括如下步骤：步骤1，坐标系设置：步骤2，背景电子密度分布获取：步骤3，大尺度等离子体泡位形设置：步骤4，大尺度等离子体泡电子密度分布计算：步骤5，小尺度电子密度起伏谱选取；步骤6，小尺度电子密度起伏求解：步骤7，等离子体泡电子密度分布计算。本发明所公开的方法，充分考虑了等离子体泡的空间分布特征，把小尺度电子密度随机起伏限制在大尺度等离子体泡的耗空结构内，更加符合物理实际。