本发明公开了一种基于工业互联网的设备通信加密方法及系统，涉及数据加密领域；包括以下步骤：将设备与互联网建立通信连接；确定多种加密逻辑，并将加密填充填充至多个加密集合中；数据传输时，确定加密逻辑的选择算法，然后根据选择算法选取加密集合以及加密集合中的具体加密逻辑；使用选取的加密逻辑进行数据加密。本发明通过设置多种加密逻辑，在加密时可利用随机性选择的方式选择不同的加密集合以及加密逻辑，从而增加破解难度，保证数据的安全性，在选择多种加密逻辑的基础上，设置加密集合和加密逻辑的编号形式，然后再以源数据为基础进行加密逻辑的选择，从而使得密文破解难度进一步增加，进一步增加数据的安全性。