本发明公开了一种枳壳良种选育方法，选择不同来源的枳壳种进行比较种植试验，首先根据形态特征进行初步筛选获得形态优良的枳壳无性系，然后以柚皮苷和新橙皮苷含量、单果干重、单果鲜重这些指标相结合考察了品种间的差异性，选育出了枳壳良种，解决了枳壳品种退化问题，有利于获得较佳的枳壳果产量以及较佳的枳壳药材质量，保证了枳壳良品的遗传稳定性，同时选择的良种更满足市场及实际生产对枳壳的需求；而且本发明的良种选育方法可操作性强，有利于规模化大生产。