本发明涉及种子筛选技术领域，尤其涉及一种苜蓿种子清选装置及清选方法，包括机架，机架一端部设置有与除杂设备连接的料仓，视觉识别系统，机架上设置有用于将苜宿种子从料仓底部取出的传输带，所述传输带包括与机架转动连接的主动辊和从动辊，主动辊和从动辊上缠绕有传输绳，传送绳上设置有套设有在其外壁的套管，各所述套管沿水平面方向的侧边均转动连接有底板，各所述套管沿其长度方向设置有隔板，隔板端部设置有与其垂直的端板，机架上设置有视觉识别系统和推杆电机，推杆电机与视觉识别系统电连接，解决现有技术苜蓿种子在选种时不能根据设定要求快速清选的问题，本发明在苜蓿种子生产厂家有良好的应用。