本发明涉及一种汽车运输船及其车辆舱室通风系统。所述通风系统包括进风装置、排风装置、检测装置和控制装置。进风装置包括百叶窗和风速仪，百叶窗为四面进风的箱体结构，百叶窗与车辆舱室连通。排风装置包括与车辆舱室连通的排风风机。检测装置设置于车辆舱室内，用于检测车辆舱室内的空气质量。控制装置与进风装置、排风装置和检测装置均连接，并用于接收风速仪检测到的第一信号，以及检测装置检测到的第二信号，并根据第一信号控制百叶窗作业，以及根据第二信号控制排风风机作业。系统采用了无动力进风，动力排风的方式进行通风，能够最大程度的减少车辆舱室吸入的湿气和盐分。该系统可有效改善车辆舱室内的空气质量，提升对车辆的保护效果。