本发明涉及一种双轴向磁通电机驱动的氢气循环泵，包括泵体，泵体中设有氢气腔和定子腔，定子腔中安装第一定子和第二定子，氢气腔中平行安装第一转轴和第二转轴，第一转轴中部安装第一压气转子和第一电机转子，第二转轴中部安装第二压气转子和第二电机转子，第一电机转子和第二电机转子上分别安装第一永磁体组和第二永磁体组；泵体包括电机定子壳体，电机定子壳体两侧分别安装泵头转子壳体和密封盖，泵头转子壳体和电机定子壳体围成氢气腔，定子腔位于电机定子壳体中。本发明可以将电气部分与流体部分整体隔离，取消了原来的动密封形式，降低了密封氢气的工艺难度。