本发明提出一种用于药厂的高稳定性双级串联风机净化控制系统，其包括：第一新风机组、第二风机组，所述第一新风机组的出风段连接药厂操作间的送风口，所述第一新风机组用于给药厂操作间进行送风，所述药厂操作间的出风口连接第二风机组的进风口，第二风机组的出风口连接第一新风机组的回风口，所述第二风机组用于给操作间回风，在第二风机组上设置风速传感器，用于控制第二风机组的回风量，在第一新风机组上设置送风压力传感器，用于控制第一新风机组的送风量，通过控制送风量和回风量的平衡，达到药厂操作间的压差稳定。