本发明涉及勘测技术领域，尤其涉及一种走航式温盐深拖鱼的触底预警方法及系统，包括如下步骤：实时获取电子海图水深数据及实测水深数据；对电子海图水深数据及实测水深数据进行融合，得到融合后水深数据；建立二维空间及二维地形曲线；实时记录走航式温盐深拖鱼下落深度，并根据船舶的航速在二维空间中预测走航式温盐深拖鱼的二维运动曲线；根据预先设置的防触碰阈值对走航式温盐深拖鱼二维运动曲线所经路径进行防撞预测，从而判断是否介入系统控制。本发明提供的方法及系统具备自适应海底地形的能力，在下放到更深层的水中时具备防触底预警的能力，提高了走航式温盐深拖鱼的安全性。