本发明公开了一种新型自动化取样系统及其使用的工艺方法，该系统包括：取样端部件，设置于取样点处；取样管道，与取样端部件连接；自动取样组合装置，其入口端与取样管道连接；清洗装置，通过第一管道与自动取样组合装置连接，第一管道上设置有第一阀门组件；压空装置，通过第二管道与自动取样组合装置连接，第二管道上设置有第二阀门组件；真空装置，通过第三管道与自动取样组合装置连接，第三管道上设置有第三阀门组件；取样接收器，通过第四管道与自动取样组合装置连接，取样接收器用于接收取样；控制装置，分别用于控制第一阀门组件、第二阀门组件、第三阀门组件。本发明极大的降低了操作人员的辐照风险，提高了系统的自动化水平和工作效率。