本发明涉及电力电子变换器控制技术领域，尤其涉及一种基于顺序预测的柔性互联装置多目标控制方法与系统，包括：建立柔性互联装置动态模型，柔性互联装置由三个结构对称的端口组成，每个端口都由三电平ANPC逆变器组成；对三电平ANPC逆变器进行中性点电压平衡计算；建立多目标模型预测控制评价函数；对多目标评价函数进行分解，得到多个单一控制目标的评价函数；依据动态模型及评价函数，对候选的开关状态分级进行选择，以找到最优的开关状态。本发明采用级联顺序预测控制的方法，将多目标问题进行分级实现，对于柔性互联装置进行控制，以解决评价函数中权重因子选择困难的问题，提高控制的效率。