本发明公开了一种水电站AGC系统的优化控制方法及系统，涉及水电站自动控制技术领域，包括收集监测电力系统运行数据，构建监测模型监测电力系统运行状态；根据水电站的运行特性和电力系统需求，确定运行区域；基于运行状态和电力系统负荷需求，动态调整机组运行状态，生成优化控制指令；接收并执行优化控制指令，调整机组输出功率和运行状态。本发明通过动态调整机组的运行状态，最大化水电站的发电效率，降低运行成本。避免机组在振动区运行可能导致的不稳定振动，提高电力系统的稳定性和可靠性，灵活调整机组的运行状态，增强水电站的运行灵活性和适应性。