本发明涉及一种多脉波整流器控制方法及系统，属于整流器控制技术领域。本发明首先通过各组6脉波整流器的输出电流与其输出电流的平均电流的差值获取对应的控制量，再根据对应的控制量获取触发角增量，其次利用获取的各组6脉波整流器触发角增量对各组6脉波整流器原始触发角进行校正，根据校正后的触发角对多脉波整流器进行均流控制。其中若有任一组6脉波整流器输出电流与输出电流的平均值的差值的绝对值超过均流保护启动定值，经设定延时后，整流器立即发出系统闭锁、停机指令。本发明可以根据实际电流差异动态调整触发角，提高了均流控制的灵活性，保证能够及时消除较严重的不均流状况且控制量易于整定，原理及控制过程简单。