本发明涉及工程管理技术领域，公开了一种工程项目价差管理系统及方法，该系统包括：自定义模块，用于获取工程项目合同，并定义工程项目合同中的价差权重、价差上调率和报价清单，得到工程价差项目分类数据；计算模块，与自定义模块连接，用于获取目标年度工程合同，将目标年度工程合同和工程价差项目分类数据进行匹配，基于匹配结果计算价差金额；管理模块，与计算模块连接，用于基于价差金额得到工程项目价差分析报告，以利用工程项目价差分析报告对工程项目价差进行调整管理。本发明实现了对工程项目价差的全方位自动管理，解决了人力成本，为后续工程项目的实施提供数据基础。