本发明提供一种不对称故障发生阶段双馈风机正负序电流解耦控制系统及方法，该系统包括风机、双馈异步电机、机侧变流器、直流侧电容、网侧变流器、电网、滤波电感、暂态磁链解耦控制模块和机侧电流控制器，风机、双馈异步电机、机侧变流器、直流侧电容、网侧变流器依次连接，双馈异步电机与电网连接，双馈异步电机与电网之间的节点与暂态磁链解耦控制模块的输入端连接，暂态磁链解耦控制模块的输出端通过机侧电流控制器与机侧变流器连接。本发明通过引入动态磁链解耦控制模块，对正负序磁链进行动态控制，对双馈风机机侧正负序电流进行解耦控制，从而实现双馈风机在不对称故障下的稳定控制和运行。