本发明公开了一种晶体内部微尺度位错的光学写入和擦除方法以及系统，属于超快激光精密加工领域。本发明利用超快激光的非线性光学效应，在焦点区域产生局部应力，导致该区域产生高密度的位错，实现微尺度位错结构的写入，该结构整体外观呈水滴形。调整超快激光参数，对该结构进行辐照，位错发生湮灭，位错结构消失，且写入和擦除的过程可在晶体内部同一位置反复进行。利用这一特点，可以实现晶体内部任意位置的位错控制，还可以实现空间位错阵列的写入和擦除。