本发明涉及氟化工技术领域，具体是一种氟甲酸酯制备全氟酸酯的方法，以等摩尔比的氟甲酸酯和全氟烯烃为反应原料，以氢氟醚为溶剂，以溴基有机盐或碘基有机盐为催化剂，在微通道反应器内反应即得全氟酸酯；本发明提供的制备全氟酸酯的方法，通过使用氢氟醚作为溶剂、使用溴基有机盐或碘基有机盐作为催化剂，使整个体系均为液相，不引入额外的金属元素，溴原子和碘原子尺寸更大，形成的碳负离子中间产物不稳定，有利于溴离子/碘离子的离去，不出现过度反应，产生的副产物如六氟丙烯多聚体等明显降低。