本发明涉及分析测试技术领域，具体地说，涉及一种用于稳定同位素分析的鱼类晶状体样品制备方法，其包括以下步骤：1)设计微孔塑料板，微孔塑料板上设有多个内径依次减小的圆孔；2)准备工具；3)摘取晶状体；4)清洗并冷冻；5)拍照并测量直径；6)剥离，将解冻后的晶状体固定于微孔塑料板上，使用高分子纳米防水涂层剂制备的纳米涂层镊子在解剖镜下剥离晶状体连续的皮层组织；每剥离一层便将晶状体放置于微孔塑料板上的另一个更小的圆孔上，重复上述操作直至剥离到晶状体核；7)干燥；8)研磨；9)保存。本发明能较佳地进行高质量的鱼类晶状体稳定同位素样品的制备。