本发明公开了一种面向地质体模型中非流形面的修复方法及其系统，属于地质体建模领域，该方法包括确定目标区域；获取目标区域的待检查地质体模型；获取描述三角网格各边关联的三角网格数量的待检查地质体模型的拓扑关系；根据待检查地质体模型的拓扑关系，判断待检查地质体模型中是否存在非流形面，若是，利用种子搜索算法将各非流形面分离为流形面，完成地质体模型中非流形面的修复，否则，结束流程。本发明解决了现有地质体模型非流形面检查修复技术存在的效率低、修复效果差、缺乏自动化检查修复能力以及无法兼顾模型几何精度和拓扑结构正确性的问题。