本发明公开了一种效率性能自动寻优控制方法及系统，方法包括下述步骤：对单个整流模块的输入电压、输出电压、输入电流和输出电流进行采样，并计算获得整流模块的输入功率和输出功率；根据单个整流模块的输出功率和输入功率的比值计算获得单个整流模块的实际运行效率，调整整流模块的负载率，计算出在多个负载率下整流模块对应的实际效率，并逼近最优效率点；根据系统实际负载功率和各个整流模块的最优效率点，调节各个整流模块均工作在最优效率点，使系统总效率达到最优；本发明旨在提供一种效率性能自动寻优控制方法及系统，根据负载的变动实时调整整流模组内整流模块的状态，从而使整流模块工作在最优效率，提高系统的经济性。