本发明公开了一种硒蛋白微胶囊制备系统及其制备工艺，属于硒蛋白微胶囊制备技术领域。一种硒蛋白微胶囊制备系统，包括两个对应的安装架和设置在其之间的可转动传动链。该硒蛋白微胶囊制备系统，胶囊盘在传动链表面有规律间断性的传送，胶囊壳下放机有规律间断性工作将胶囊壳压进上方口和下方口内，进而使得胶囊壳放置到胶囊盘内，随着胶囊盘继续运动，弧形板受到展开刀的挤压，使得第一上置盘和第二下置盘展开，进而使得胶囊壳上下壳体分离，第一上置盘和第二下置盘不受滚轮组限位时，第一上置盘和第二下置盘在弹簧轴的作用下复位合拢，胶囊盘本身在展开刀和弹簧轴作用下自动快速展开和合拢，进而提高了硒蛋白胶囊的生产速率。