本发明公开了一种基于FPGA控制的频率捷变方法、模块及量子传感系统，将恒温晶振产生的时钟信号f_1输入PLL，将PLL基于输入参考信号倍频输出的高频时钟信号f_2输入DDS芯片的时钟输入端，通过FPGA基于频率控制指令FTW计算频率控制字M，并通过高速IO口将所述频率控制字M以二进制的形式写入DDS芯片n位相位累加器对应的寄存器；DDS芯片根据时钟信号f_2和频率控制字M输出微波频率调节信号f_3。利用FPGA灵活性和计算效率高的优势，将其作为频率源输出信号的控制核心，可以在ns级时间尺度内完成频率的跳变输出。此外，相比于成品微波源，结构较为简单的同时大大降低了硬件成本。