本发明公开了一种深部煤层复合顶板定向长钻孔协同压裂布置方法及系统，涉及煤矿开采技术领域，包括：根据实际采集数据，结合微震监测数据以及声发射监测数据，确定主关键层和亚关键层所在位置；根据主关键层和亚关键层位置进行数值模拟确定定向长钻孔的设计布置高度、设计压裂时长以及设计压裂段长度；根据设计布置高度布置定向长钻孔轨迹；根据定向长钻孔轨迹以及设计压裂时长和设计压裂段间距依次对主关键层和亚关键层进行分段式水力压裂或高压射流压裂，实现协同压裂。本发明技术方案利用关键层理论结合微震、声发射监测数据以及数值模拟软件确定钻孔层位、数量、方向等关键参数设计，提高区域化钻孔压裂效果，优化压裂施工流程，节约经济成本。