本发明公开一种亲疏水交替分布微通道激光制备方法及装置，该装置包括升降轴、样品固定台、移动平台、出气/液口、密封腔、激光头、石英窗口、进气/液口，所述样品固定台连接在升降轴上；升降轴与密封腔固定在移动平台上；进气/液口通过三通波纹管分别与流量计和驱动泵相连，通过三通波纹管分别与真空泵和回液泵相连，激光头在电机的驱动下带动激光进行运动，样品通过石英窗口拆装安装在样品台上。先利用激光在大气环境中样品表面制备出微通道；再利用激光在还原性气氛中进行微纳织构加工以及钝化处理，使得微通道内待疏水处理区域形成疏水微纳织构；最后待对亲水处理区域通过激光在氧化性气氛或溶液中进行羟基化活化处理形成亲水表面。