本发明公开了一种富含鼠李糖和半乳糖的银杏多糖的制备方法，属于天然植物提取技术领域，包括如下步骤：A银杏多糖原料料液过阴离子交换树脂和阳离子交换树脂去除溶液中的盐分和颜色得到脱盐脱色下柱水；B下柱水过500‑700分子量纳滤膜，截留多糖得到纳滤膜截留液；C将纳滤膜截留液使用葡聚糖凝胶色谱柱进行分离，使用盐溶液进行洗脱，收集不同浓度盐溶液洗脱液；D将盐溶液洗脱液进行干燥后得到富含鼠李糖和半乳糖的银杏多糖产品。本发明得到银杏多糖含量高，鼠李糖和半乳糖占比大，产品杂质少，白度值大。该方法操作简单方便，易于实现工业化连续生产，实现了银杏叶提取物生产废水的废物利用，提高了银杏叶资源的综合利用。