本发明涉及水体生态评测领域，且公开了一种航道整治建筑物生态效果多层级评测方法，包括以下步骤：步骤S01：于长江丰水期和枯水期，在长江干流航道整治建筑物－顺坝、丁坝、潜坝所在水域布置采样点并采集样本，步骤S02：分析每个采样点的样本，步骤S03：列举候选的航道整治建筑物生态性评价指标，筛选得到最终的指标并确定权重，步骤S04：计算每个采样点的生态性指数得分，步骤S05：根据生态性指数得分确定航道整治建筑物生态性评价体系最终目标层得分，步骤S06：根据航道整治建筑物生态性评价体系最终目标层得分划分出采样点的航道整治建筑物生态性等级，不仅可以更全面客观地反映航道整治建筑物生态效果，而且各指标采样方法操作简单快速。