本说明书实施例提供遗传变异位点的处理方法、表型预测方法及系统，其中所述遗传变异位点的处理方法，包括：确定待处理生物样本的位点序列，其中，所述位点序列包括多个遗传变异位点；确定各遗传变异位点之间的关联关系，并基于所述关联关系将所述位点序列映射至二维空间，获得所述二维空间对应的位点对象，其中，所述位点对象的维度大于所述位点序列的维度，且所述位点对象包含多个遗传变异位点；将所述位点对象输入至位点处理模型，获得所述多个遗传变异位点对应的处理结果；使得位点处理模型有效的建立遗传变异位点之间的联系并进行分析处理，避免了神经网络模型输出的处理结果准确度较低的问题，保证了生物遗传研究工作的顺利开展。