本发明公开了一种重型燃机掺氢控制方法及系统，涉及工业控制技术领域，包括计算燃料气体掺氢前后的重要参数变量；基于所述重要参数变量确定掺氢后的工况流量；引入阀门系数限制最大流量；基于沃泊指数控制燃气流量分配。根据掺氢体积比例，掺氢前各燃气成分表，精确计算出掺氢前各气体成分摩尔质量，掺氢后气体摩尔质量，气体密度，低位热值，沃伯指数等变量，将这些变量用做掺氢后燃机控制关键中间变量，保证掺氢后燃机不同工况的性能稳定。根据氢气单位体积热值低特性，在总燃料控制中引入流量系数限制，确保不会发生燃料阻塞，提高了掺氢安全性。与现有技术相比，本发明提出的燃机掺氢控制算法具有良好的工况稳定性、安全性和掺氢灵活性。