本发明涉及一种航标灯表面缺陷识别方法及系统，属于数据处理技术领域，该方法步骤包括：获取待检测航标灯表面HSI图像和标准航标灯表面HSI图像，识别出待检测图像中全部污渍像素点，利用污渍像素点邻域内全部非污渍像素点的加权后亮度值对目标像素点的原始亮度值进行替换得到目标像素点的新亮度值；利用待检测图像内包含的全部污渍像素点的新亮度值和原始亮度值，计算出待检测图像的阻光程度，当待检测图像的阻光程度大于预设阻光程度时，判定航标灯表面需要清洁；本发明能准确的识别出待检测图像中阻光污渍，并根据阻光污渍的阻光程度判断是否需要对航标灯表面进行清洁。