本发明公开了一种分离纯化微藻藻种的方法，属于微藻藻种纯化技术领域。使用BG11培养基培养微藻，在此基础上，单独或者联合使用浓度分别为100μg/ml链霉素、氯霉素、壮观霉素、氨苄青霉素以及50μg/ml的卡那霉素和1mg/ml的青‑链双抗霉素，对含有杂菌的微藻藻液进行培养处理，单独使用上述抗生素中的一种结合固体培养基培养，以及进行外加碳源的培养基培养，获得纯种微藻。与现有技术相比，本发明提供了一种高效、简易分离纯化微藻藻种的方法，从而获得无细菌污染的微藻藻种，起到降低藻种维护成本和快速获得批量藻种的目的。同时，本方法也可用于其他微藻的分离纯化，选择相应藻类的培养基替代本方法中培养基即可。