本发明公开了一种高低跨处桩基悬臂端反贴防水结构及其施工方法，结构包含浅基础区、设置于浅基础区一侧的深基础区、设置于浅基础区内的桩基、设置于桩基外侧的找平层、设置于找平层外侧的粘结层、设置于粘结层外侧的挤塑聚苯板层、设置于挤塑聚苯板层外侧的抗裂层、设置于抗裂层外侧的防水层以及设置于防水层外侧的地下外墙。本发明通过对浅基础区下方进行桩基设置，有利于保证浅基础底部承载力；而且桩基最外层兼做护坡桩有利于变化处的受力；通过找平层的设置，为挤塑聚苯板层的设置提供了平整度的基础；通过挤塑聚苯板层的设置，利于在高低基础不均匀沉降时形成滑动层；通过将防水层反贴至抗裂层上，可便捷施工且利于保证防水层的完整性。