本发明公开了一种基于电能、氢能、天然气协同的综合能源系统调度方法和系统，解决了现有技术的不足，包括步骤1，获取电力系统的电力负荷数据，获取天然气系统的天然气负荷数据；步骤2，对电力负荷数据和天然气负荷数据进行分析；步骤3，在电力负荷的谷值阶段，电力系统将多余的电能提供至氢储能系统，氢储能系统将电能转化为氢能存储；在电力负荷的峰值阶段，氢储能系统将氢能转化成电能提供至电力系统；在天然气负荷的谷值阶段，天然气系统将天然气提供至氢储能系统，氢储能系统将天然气转化为氢能存储，在天然气负荷的峰值阶段，氢储能系统将氢能转化成天然气提供至天然气系统。