本发明涉及一种保持遗传多样性的鱼类育种方法，属于渔业科学应用技术领域。操作步骤如下：(1)查明遗传背景，选择基础群体；(2)明确选育目标，挑选目标个体，选育目标性状为生长速度、耐低氧、抗病、成活率、体色中一个以上；(3)繁殖亲本组配，经过三代以上的子代筛选培育，育种种群遗传多样性水平达到：每个世代观测杂合度(Ho)保持在0.5以上、期望杂合度(He)保持在0.5以上，等位基因数保持在4以上。本发明通过从大群体中不断选育符合选育目标的个体进行繁殖，使得目标性状关联基因在子代中聚合，从而得到目标性状显著的选育群体，满足产业发展需求；同时，又因培育过程中不断淘汰非目标群体，大大降低了养殖和保育成本。