本发明涉及生命科学和医用摄影成像技术领域，具体公开了一种成像系统及其控制方法与装置、存储介质，成像系统包括激光测量设备和CT成像设备，CT成像设备包括X射线球管和探测器，待测目标位于X射线球管和探测器之间，控制方法包括：获取激光测量设备采集待测目标的第一呼吸信号和X射线球管采集待测目标的第二呼吸信号；根据第一呼吸信号和第二呼吸信号确定第一时域和第二时域；通过激光测量设备采集待测目标的当前呼吸信号，并在当前呼吸信号处于第二时域时，对待测目标进行成像处理，从而能够以外部监测信号代替内部监测信号，便于观察被检测活体动物的感兴趣区域的实时状态，精准度高，且能降低X射线对活体动物辐射的影响，提高使用安全度。